Le danger qu'exerce la Fédération envers la République galactique grandit. La paix est menacée au point que l'on envisage la création d'une armée pour combattre la Fédération et son armée de droïdes. Devant cette dérive dangereuse vers une guerre ouverte, la sénatrice Padmé Amidala, ancienne reine de Naboo, se rend sur Coruscant pour participer aux débats. Sur place, elle échappe à un attentat la visant.

Anakin Skywalker, qui suit sa formation de Jedi auprès d'Obi Wan Kenobi, est chargé de la protéger tandis que ce dernier est missionné pour enquêter sur cette tentative d'assassinat.

Après un nouvel attentat, les deux Jedi suivent la piste d'une tueuse à gages, Zam Wesell qu'ils finissent par capturer. Mais cette dernière est assassinée par une pointe empoisonnée avant de n'avoir pu leur livrer la moindre information. Tandis qu'Anakin suit Padmé sur la planète Naboo où elle sera plus en sécurité, Obi Wan se rend sur une planète mystérieuse, absente des archives Jedi, et de laquelle proviendrait la pointe : Kamino. Pendant l'absence de la sénatrice, c'est Jar Jar Binks qui la suppléera dans ses fonctions.

Sur Kamino, Obi-wan découvre une armée secrète de clones en production pour la République. On lui annonce que l'armée a été commandée il y a dix ans par un Jedi nommé Sifo-Dyas, connu du Conseil Jedi pour être déjà mort à cette époque. Jango Fett, un chasseur de primes, a été payé pour être l’original de tous les clones. Obi-Wan rencontre Jango sur Kamino et pense qu’il est le tueur qu'il avait dépisté. Après avoir essayé de le capturer sans succès, Obi-Wan place un émetteur sur son vaisseau et le suit jusqu’à la planète de Geonosis.

Sur Geonosis, Obi-Wan surprend des conversations entre le comte Dooku et Nute Gunray, vice-roi de la Fédération du commerce. Il découvre que la Fédération est à l’origine du mouvement Séparatiste et qu’ils ont créé une nouvelle armée de droïdes. Il apprend également que c'était Gunray qui avait commandé l'assassinat d'Amidala, pour se venger de la bataille de Naboo. Obi-Wan envoie un message enregistré à Anakin pour qu'il le transmette à Coruscant afin d'informer le Conseil Jedi et le Chancelier de ses récentes découvertes, juste avant de se faire capturer.

Pendant ce temps, Anakin Skywalker et Padmé Amidala ont passé beaucoup de temps ensemble sur Naboo et Anakin révèle son amour profond pour elle. Cependant, Padmé résiste, expliquant que leur amour est impossible, puisqu'elle est une sénatrice et qu’il est un Jedi. Anakin est irrité par cela et éprouve un conflit intérieur entre ses désirs pour elle et son devoir de Jedi. Tous les deux finissent quand même par s’embrasser, incapables de nier leur amour.

Anakin est également préoccupé car il a récemment ressenti que sa mère est en grave danger et il s’arrange pour que Padmé l'accompagne jusqu’à sa planète natale : Tatooine (désobéissant ainsi aux ordres d’Obi-Wan qui lui avait dit de rester sur Naboo). Sur place, il apprend de son ancien maître Watto qu'elle n'est plus une esclave, s'est mariée et vit dans une nouvelle famille, les Lars. Mais, il découvre également qu'elle a été enlevée un mois plus tôt par des pillards Tuskens. Anakin part à sa recherche, la trouve mourante, prisonnière d’un camp Tusken. Au moment même où il la retrouve, elle se laisse mourir dans ses bras après seulement quelques mots. Dans un accès de fureur, il abat la communauté entière des Tuskens, femmes et enfants inclus.

Sur Coruscant,  Yoda ressent violemment le côté obscur de la force envahir Anakin. Anakin ramène le corps de sa mère chez les Lars et avoue à Padmé qu'il est troublé par ce qu'il a fait : il est rongé par la culpabilité, mais également empli de satisfaction. L'enterrement de Shmi a lieu et c'est à ce moment-là qu'Anakin reçoit le message d'Obi-Wan de Géonosis. Il le retransmet à Coruscant et apprend les découvertes de son maître ainsi que sa capture. Padmé convainc Anakin d'aller sur Geonosis porter secours à Obi-Wan.

Puisque le Conseil Jedi est au courant pour l'armée de Dooku, il envoie tous les Jedi disponibles, Mace Windu à leur tête, sur Geonosis. Anakin et Padmé font eux aussi le trajet de leur côté pour sauver Obi-Wan. Pendant ce temps, le représentant Binks réclame les pleins pouvoirs pour le chancelier Palpatine, qui pourra les utiliser pour faire appel à l'armée de clones récemment découverte.

Sur Geonosis, le comte Dooku essaye de persuader Obi-Wan de le rejoindre, l'avertissant qu'un seigneur Sith, Darth Sidious, a un contrôle grandissant sur le Sénat. Obi-Wan refuse de le croire, rétorquant que les Jedi l’auraient su si cela avait été le cas. Devant ce refus, Dooku le condamne à mort.

Anakin et Padmé arrivent sur la planète, mais sont rapidement capturés et eux aussi condamnés à mort. Ils se retrouvent alors attachés avec Obi-Wan dans une arène où trois monstrueuses créatures sont lâchées sur eux, pour le plus grand plaisir de la population locale. Pendant leur lutte, Mace Windu arrive avec ses Jedi et ils affrontent les droïdes des Séparatistes dans l’arène. Même si Windu réussit à tuer Jango Fett, la défaite face aux droïdes semble imminente. Heureusement, Yoda arrive soudainement avec la nouvelle armée de clones de la République.

Une grande bataille s'ensuit entre l'armée de clones et celle des droïdes. Le comte Dooku essaye de s'échapper, mais Obi-Wan et Anakin le rattrapent dans un hangar secret, où ils entament un nouveau combat. Malheureusement, ils ne sont pas de taille face à la grande maîtrise de la force et du sabre laser que possède Dooku : Obi-Wan est blessé et Anakin se fait trancher le bras droit. Yoda apparaît juste au moment où Dooku s’apprête à les achever et les deux maîtres Jedi se lancent dans un duel au sabre laser, pendant lequel on apprend que Dooku fut autrefois l’élève padawan de Yoda. Dooku est dominé et emploie la force pour renverser un énorme pilier sur Obi-Wan et Anakin qui sont immobilisés au sol. Yoda s’arrête de combattre pour ralentir et dévier la trajectoire du pilier, sauvant ainsi les deux Jedi. Dooku (alias Darth Tyranus) en profite pour retourner jusqu’à son vaisseau et s'échappe vers Coruscant où il retrouve son maître, Darth Sidious. Celui-ci est heureux que la guerre ait commencé comme il l'avait prévu.

De retour à Coruscant, Obi-Wan informe le Conseil Jedi des révélations de Dooku, à savoir que Dark Sidious a pris le contrôle du Sénat. Yoda est perplexe, car créer la crainte et la méfiance sont les méthodes du côté obscur. Mais lui et Windu conviennent que le côté obscur opacifie maintenant toutes leurs perceptions et qu'ils devraient surveiller le Sénat de près.

Sur un grand terrain d'atterrissage, les soldats de l’armée de clones et leurs machines de guerre embarquent leurs vaisseaux sous l’œil de Palpatine, Bail Organa et quelques autres Républicains. Les troupes sont prêtes à combattre les Séparatistes. De retour sur Naboo, Anakin (avec une nouvelle prothèse mécanique pour son bras) et Padmé se marient en secret, avec pour uniques témoins les droïds C-3PO et R2-D2.

Trente-deux ans avant la bataille de Yavin et les événements narrés dans la trilogie originale, sur la planète de Coruscant, capitale galactique, le Sénat impose des taxations sur des routes commerciales de la bordure extérieure. La Fédération du commerce, qui se fait déjà attaquer par des pirates, prend très mal cette décision et impose un blocus total à la paisible planète Naboo. Des Jedi sont envoyés pour résoudre le conflit et entamer des négociations. Ces deux Jedi sont Qui-Gon Jinn et son padawan Obi-Wan Kenobi.

Mais en réalité, la Fédération a un autre objectif que l'arrêt des taxations. Elle essaie alors d'éliminer les Jedi, mais sans succès. Les deux chevaliers prennent donc la route du centre de commandement du vaisseau sur lequel ils se trouvent et tentent de retrouver Nute Gunray, le vice-roi de la Fédération du commerce. Les Jedi, dépassés par les forces de l'ennemi, s'enfuient et se réfugient dans les transports de troupes destinés à envahir Naboo, découvrant par la même occasion les plans véritables de la Fédération.

Une fois sur la planète, les Jedi font la connaissance de Jar Jar Binks, un gaffeur né Gungan, qui a été banni par les siens. Il propose alors à Qui-Gon et Obi-Wan de les mener à Otoh Gunga, la ville subaquatique de Jar Jar. Là bas, Binks est très mal reçu et se fait emprisonner tandis que les deux Jedi négocient un moyen de transport et la libération de Jar Jar avec le dirigeant d'Otoh Gunga, Boss Nass. Qui-Gon utilise ses dons de Jedi afin de convaincre le boss, qui finit par accepter et leur donne un Bongo, sorte de vaisseau sous-marin Gungan.

Le trio s'en va alors vers Theed, capitale de Naboo, en passant par le noyau de la planète et se fait prendre en chasse par différentes créatures gigantesques du monde sous-marin. Arrivés à bon port, les deux Jedi parviennent à libérer la reine Amidala de Naboo et à la convaincre de quitter sa planète envahie pour aider le sénateur de Naboo, Palpatine, à plaider sa cause au Sénat galactique, sur Coruscant.

Lors de la fuite et en tentant de forcer le blocus de la planète, le vaisseau se fait endommager et est forcé de se poser sur Tatooine pour trouver les pièces à remplacer. Qui-Gon découvre alors un jeune humain du nom d'Anakin Skywalker, esclave d'un ferrailleur nommé Watto. Le jeune garçon tombe sous le charme de la jeune suivante de la reine, Padmé, tandis que Qui-Gon tente de se procurer les pièces. Anakin propose donc à Qui-Gon de parier avec Watto sur la course de la Boonta Eve. Watto et le Jedi arrivent à un accord : si Anakin gagne, Qui-Gon remporte les pièces et Watto garde les gains de la victoire. En cas de défaite Watto garde le vaisseau de Qui-Gon. Avant le départ Watto et Qui-Gon font un nouveau pari: si Ani gagne, il retrouve sa liberté, sinon le module de course sera à Watto. Après une course acharnée, Ani parvient à remporter la victoire et est le seul humain à être arrivé à gagner une course de module

Qui-Gon peut partir et Anakin viendra avec lui pour devenir Jedi. Mais en arrivant au vaisseau, Qui-Gon est attaqué par Darth Maul, un seigneur Sith, mais réussi tout de même à fuire. Sur Coruscant, Qui-Gon informe le conseil Jedi de son agresseur de Tatooine et suppose qu'il s'agit d'un Sith. Le maître Jedi Ki-Adi-Mundi a du mal à croire cela : les Sith ont disparu depuis 1000 ans. Qui-Gon présente Anakin au conseil. Ki-Adi-Mundi remarque que le lien d'Anakin avec la force est titanesque, mais Maître Windu et Maître Yoda refusent sa formation : Il est trop âgé, son âme est trop obsédée par sa mère et il semble que le garçon incarne un danger.

Arrivée sur Coruscant, la reine frustrée par la corruption et l'incapacité du Sénat à résoudre le conflit, propose une motion de censure à l'encontre du chancelier suprême Valorum. Ce dernier sera remplacé par le sénateur Palpatine qui a profité de la sympathie générée par la situation dans laquelle se trouve Naboo. Malgré cette victoire, la reine, qui n'en peut plus d'attendre l'aide du Sénat, décide de repartir sur sa planète. Sur place, elle conclut une alliance avec Boss Nass en révélant que Padmé et elle ne font qu'un et organise un plan à haut risque : les Gungans devront se battre contre toute l'armée de la Fédération pour faire diversion pendant que les chasseurs stellaires tenteront de détruire le vaisseau amiral droïde de la Fédération et que la reine essayera de capturer le vice-roi.

Le plan est prêt quand Darth Maul refait surface et attaque les deux Jedi. Quant à Anakin, il se retrouve involontairement sur le lieu de la bataille spatiale. La reine réussit la capture de Nute Gunray et Anakin parvient à détruire le vaisseau amiral ce qui met fin au blocus. Mais Obi-Wan et Qui-Gon continuent de se battre contre Maul. Après plusieurs minutes de lutte, Obi Wan se retrouve coincé derrière une barrière énergétique et assiste impuissant à l'assassinat de son maître. La barrière désactivée, Obi-Wan se bat avec rage et finit par vaincre Maul en le tranchant en deux avec le sabre laser de son maître. Il accède ainsi au rang de Chevalier Jedi et prend Anakin comme apprenti après que le conseil a révisé son avis, malgré les mises en garde de Yoda qui pressent la destinée d'Anakin. Windu confirme à Yoda que l'agresseur de Tatooine, maintenant assassin de Qui-Gon et victime d'Obi-Wan, était bien un Sith. Yoda rappelle que les Sith sont toujours deux : un maître et un apprenti. L'un a été tué, mais le survivant n'en restera pas là...